额尔古纳湿地是东北亚鸟类迁徙、停歇与繁殖的重要通道及栖息地。每年春天，大批迁徙的候鸟将这里营造成一个鸟类博物馆，包括国际濒危鸟类及国家级重点保护鸟类如：白尾海雕、天鹅、鸿雁、苍鹭、丹顶鹤等，鸟类总数量达230余种。

紫貂、原麝、貂熊等国家一级重点保护兽类也在这里繁衍生息，各种珍禽异兽与这里的群山、草原、森林、湿地相辅相成，共同构建了完整的生态体系。